Prvi podatak o župi kao crkvenoj zajednici u selu Bukovici (“Bocouha”) imamo iz 1334. u zborniku prava i povlastica zagrebačkog kaptola “sanctorum Cosme et Damiani de Bocouha”, koja se nalazila na području današnje Nove Bukovice.
Selo Bukovica (“Bakovcza”) spominje se i 1473. u darovnici kojom je hrvatsko-ugarski kralj Matija Korvin (1440- 1490) darovao Osvaldu Thuzu, zagrebačkom biskupu (1466-1499), od posjeda obitelji Bakovczai 18 sela koja su se nalazila istočno od Podravske Slatine. Tom selu Bukovica odgovaraju današnja sela Bukovica Donja i Gornja.
Župa Bukovica (“Bakocza”) spominje se i u popisu župa zagrebačke biskupije od 1501. Tada su u njoj prebivala petorica svećenika. Župnik je bio svećenik Blaž. Svećenik Pavao bio je tercijar, trećoredac. Prebendari, nadarbenjaci crkve u Bukovici bili su svećenici Jakov i dvojica imenom Grgur. Za posljednjega se Grgura kaže i da je “siromašni kapelan”.
U godini 1429. spominju se dvojica bogoslova zagrebačke biskupije, nadarbenjaka župe sv. Kuzme i Damjana u Bukovici (“Buchowcha”) i to: Matej, sin Pavla de Porhorewch, i Pavao, sin Klementa, iz Drenovaca. Ta su dvojica bogoslova tražila od Rimske kurije da im se dopusti primitak svećeničkih redova. Njihovu se zahtjevu udovoljilo, a đurskom se biskupu povjerilo da ispita podobnost molitelja.
Godina 1507, 1513, 1517. i 1520. župnik za nadbiskupski posjed u Donjoj Bukovici plaćao je 4, zatim 5 dimova kraljevskog ili državnog poreza. Tada je vlasnik gospoštije Donja i Gornja Bukovica vojvoda Lovro Iločki, gospodar Srijema i vukovarske županije. Vrijednost Donje Bukovice iznosila je 46-60 dimova, a Gornje Bukovice 8-14 dimova.
Za župu su osvanuli crni dani provalom Turaka u te krajeve u prvoj polovici 16. stoljeća. U Bukovici je bila i tvrđava. Župna se crkva nalazila između utvrđenoga grada i opkopa. Crkva je bila dugačka 24 m, a zidovi su bili široki 96 cm, kako su pokazale kasnije iskopine. Vjerojatno su Bukovicu Turci zauzeli u prvoj polovici 16. stoljeća. Godine 1545. spominje se nahija Bukovica. Ne zna se kojemu je kadiluku pripadala. Vjerojatno najprije kadiluku Orahovica, a kasnije kadiluku Virovitici. Te se godine spominje na području Bukovice jedna vlaška skupina kneza Đorđa Vučine. Tada su većinu stanovništva Bukovice pored vlaških doseljenika sačinjavali i muslimani, jer se staro katoličko stanovništvo koje nije izginulo i prešlo na islam pred turskim nadiranjem povuklo u sigurnija područja prema zapadnoj Hrvatskoj ili na sjever u zapadnu Mađarsku. Crkva sv. Kuzme i Damjana u Bukovici spominje se zadnji put god. 1660. u izvještaju vizitatora fra Petra Nikolića. Župe su uglavnom u turskom nadiranju nestajale, a crkve su razorene. Tako je i bilo s crkvenom zajednicom u Bukovici. Turci su napustili Slavoniju pred navalom kršćanske vojske poslije poraza Turaka pod Bečom 1683. i Bukovica je vjerojatno oslobođena nešto prije oslobođenja Osijeka 1687.
Nakon oslobođenja Slavonije od Turske vlasti u Bukovicu se počelo doseljavati hrvatsko katoličko stanovništvo, osobito oko sredine 18. stoljeća, i to iz Gorskog kotara. Tada je dio sela Bukovice dobio naziv Nova Bukovica. Godine 1783. u Bukovici je 38 hrvatskih obitelji s ukupno 300 članova.
Tada se obnavlja crkvena zajednica u Novoj Bukovici. Od materijala stare i razrušene tvrđave između 1778; i 1786. sagrađena je nova crkva u kojoj se vršila služba Božja sve do 1904. Ta se crkvica u vizitacijskim izvještajima često naziva i kapelicom, a i bila je filijalom sladojevačke župe. U popisu župa Zagrebačke biskupije od 1802. spominje se i filijalna crkva u Novoj Bukovici, koja je bila dugačka oko 13 metara, a široka oko 6 metara. Svod je u crkvi bio drven. U crkvi su bile i četiri drvene klupe. Od zadnje vizitacije nabavljena je svilena misnica, a u crkvenoj blagajni bilo je 56 forinti i 4 krajcara. Groblje je imalo oštećenu ogradu. Vjernici su tražili župnika jer su bili daleko od središta župe. Vizitator je podržao njihovu želju. On još navodi da se po dobrom putu ljeti do Sladojevaca u četveropregu treba voziti jedan sat.
Također Iz zapisnika vizitacije od 14. kolovoza 1805. koju je izvršio vaškanski arhiđakon Maksimilijan Chiolich vidljivo je da su stanovnici Bukovice tražili da im se dodijeli svećenik. Za crkvu kaže da je udaljena dva sata hoda od župne crkve u Sladojevcima. Tada su filijalnoj crkvi u Novoj Bukovici pripadala 343 vjernika.
U vezi s osnivanjem župe u Novoj Bukovici u Virovitici se sastalo 31. siječnja 1812. povjerenstvo od Franje Petrića, lukačkoga župnika i virovitičkog dekana, Andrije Diakovića, župnika u Sladojevcima, Ivan Salopeka, županijskog suca i Makse Vlašića, izaslanika grofa Antuna Pejačevića, virovitičkoga vlastelina nad selom Nova Bukovica. Tada je dogovoreno da se u Novoj Bukovici ima osnovati župa kojoj će još biti pripojeno selo Kozice iz sladojevačke župe i selo Miklouš iz orahovičke župe a feričanačkog vlastelinstva. U zahtjevu koji je upućen “prečasnom biskupijskom uredu” izneseno je da crkva u Novoj Bukovici od solidna materijala sagrađena otprilike prije 33 godine, iznutra u najboljem stanju, s jednim velikim oltarom BI. Dj. Marije u nebo uzete. Crkva još nije bila izvana ožbukana. Župljani su platili graditelju za žbukanje i on je obećao svoj posao izvršiti još iste godine. Grof Pejačević primio se patronata nad župom, obvezao se da će crkvu urediti izvana i iznutra, sagraditi župni stan i darovati zemljište potrebno za župnikov život.